Basis Set
Idem anch'io per l'OT, toccata e fuga.
Ecco esattamente il metodo esemplificato da Quimico con il quale NON si dovrebbe insegnare... *help*
Ci sono ovviamente anche esempi opposti: ho seguito qualche tempo fa una conferenza di Paolo De Bernardis (uno dei massimi astrofisici a livello internazionale) e lo capivano anche i cani e porci.

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(2012-03-07, 15:46)al-ham-bic Ha scritto: Sì, credo di aver ottenuto quanto dovuto, ovvero l'immagine con tutti i possibili "stiracchiamenti" della molecola (non animati però, ma visibili uno per uno).
Per l'utilità pratica di tutto ciò (non capisco cosa si intenda per "ottimizzazione") mi preparo ad una lunga attesa... O:-)

L'operazione che hai fatto inserendo la riga di comando descritta nel messaggio precedente è l'ottimizzazione della struttura geometrica inserita con la matrice Z (nel tuo caso il fenolo). Se confronti la molecola che hai inserito nel file output (è sempre la numero 1 nell'elenco, vedere figura 1) con la molecola ottimizzata (quella con scritto "min" a fianco, vedere figura 1) noterai che la struttura macroscopicamente è la stessa ma se vai a controllare le lunghezze di legame, gli angoli e gli angoli diedri fra i vari atomi, noterai che non sono uguali, in quanto il programma ti ha calcolato la struttura più stabile (quella a minor energia, il punto di minimo nella PES) che non rispecchia quella da te inserita.

Come ha ben detto lorenzo, la struttura che hai inserito non è mai quella più stabile ma se sei fortunato una molto vicina (solo se sei fortunato però).

La matrice Z che hai inserito nell'input corrisponde a una determinata geometria della molecola, quindi si tratta di un generico vettore "q" all'interno della PES a cui è associata un energia potenziale. Con la funzione OPT hai ordinato al programma di esplorare la PES, partendo dal vettore "q" che hai inserito, al fine di trovare la struttura geometrica ad energia minore che consiste nella struttura più stabile, cioè quella all'equilibrio. Questa struttura è riconoscibile nel file di output con la parole "min" a fianco dell'energia della struttura (Vedere Figura 1 sottostante).

[Immagine: sequenzaopt.png]

Fig.1 Output di ottimizzazione, ogni step corrisponde a un determinato punto della PES. La struttura con scritto "min" corrisponde alla struttura della molecola all'equilibrio.


Graficamente l'effetto non è ben visibile in quanto la differenza fra il "fenolo teorico" da te inserito con la matrice Z e il "fenolo reale" in termini di angoli e lunghezze di legame è davvero minima.

Ad esempio l'angolo di un carbonio sp2 dell'anello aromatico nel "fenolo teorico" è 120° (dato derivante dalle conoscienze chimiche dell'operatore) ma nella realtà quell'angolo non è proprio 120° ma è di circa 120,794° (dato ottenuto dall'ottimizzazione computazionale).

Notare questa differenza dall'output grafico non è così facile (direi quasi impossibile) e quindi all'apparenza può sembrare che il programma non abbia calcolato niente ma in relatà ha calcolato eccome ;-)

Concordo con voi quando affermate che non esiste materia difficile in quanto se si trova un bravo professore, il difficile diventa semplice. L'esempio di Al mi sembra più che sufficiente per far capire il concetto ;-) Non voglio dilungarmi per non andare ulteriormente OT.

Naturalmente vi ringrazio a tutti per le belle parole spese, come dico sempre siete troppo buoni ;-)

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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Poi mi rileggerò con calma tutto il discorso, per ora ti dico che ricadiamo nella solita rogna grafica: non si vedono le immagini (e non si rivedono più nemmeno quelle iniziali in Potential energy Surface).
(Che sia perchè io ce l'ho a morte con Imageshack? >_> )
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Brick 
Non so perchè faccia così. L'immagine si vede per un certo lasso di tempo e poi non si vedono più. Io riesco a vedere tutte le immagini tranne le prime due del theard "Potential Energy Surface".

Lo conosco da poco ma sto iniziando ad avercela anche io con Imageshack >_>

Cercherò di vedere cosa posso fare, magari trovando qualche soluzione sul web e risolvere il problema ;-)

Forse ho scoperto dove era nascosto il problema, provvedo subito a risolverlo, sperando che sia davvero quello (ma credo proprio di si) ;-)
Dovrei aver risolto il problema e ora dovrebbero essere tutte visibili le immagini ma non vorrei dirlo troppo forte. Aspetto comunque una vostra conferma.

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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Strano, ma fin qui penso di aver capito tutto! asd asd (strano per me, non per le vostre ottime spiegazioni).
Però anch'io vorrei sollevare una questione; probabilmente Chemistry4888 aveva intenzione di rispondere successivamente a quanto sto per chiedere, ed in quel caso cancellerò la domanda ed aspetterò il momento debito. Per il momento la scrivo:
una cattiva approssimazione, alla fine dei conti, si traduce nella probabilità che il risultato finale NON rispecchi ciò che accade o nella cattiva somiglianza tra il risultato finale e ciò che realmente accade? Più brevemente, mi potresti fare un esempio di cosa potrebbe accadere approssimando troppo?

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Con l'occasione di dire che adesso le immagini si vedono tutte perfettamente, mi associo alla domanda di Max ;-)
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Una cattiva approssimazione non è una minor probabilità di ottenere il risultato veritiero, in quanto anche con un metodo e una basis set non molto accurata, si riesce ad ottenere con una probabilità del 100% un risultato. Naturalmente in seguito bisogna vedere la veridicità di questo risultato (a volte esce qualcosa di fantachimico). Una cattiva approssimazione comporta "solo" una struttura che non si avvicina a quella reale.

Ad esempio se il valore reale di un generico legame A-B di una generica molecola, è 1.0876 amstrong, con un comando non molto accurato (ad esempio HF/3-21G**) ottengo 1.0734 amstrong, mentre utilizzando un comando più accurato (ad esempio PBE1PBE/6-31G**) ottengo 1.0853 amstrong.

L'unico "pericolo" che si corre approssimando troppo è appunto quello di ottenere un risultato lontano da quello reale, che ha ben poca validità scientifica. Questo tipo di approssimazione è utilissima per uno studio didattico del programma da parte dei novizi, in quanto hanno un tempo di calcolo molto basso.

Spero di aver risposto in modo esaustivo alla tua domanda Max!

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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Max Fritz
Perfetto, ora è tutto a posto, grazie :-D
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Ciao,
Vorrei fare delle considerazioni sui set di base che potrebbero esservi utili:
-la combinazione lineare di più orbitali si chiama contrazione;
-quando gli orbitali atomici sono rappresentati da 2 o 3 contrazioni si parla di doppia o tripla zeta;
-la singola gaussiana (elemento della contrazione) è detta primitiva;
-il numero di combinazioni lineari usato dipende dal tipo di orbitale considerato.

Alla luce di questo, la 6-31G sarà caratterizzata da:
-una contrazione formata da 6 primtive che descrive gli orbitali di core (questa contrazione viene indicata dal primo numero);
-avremo poi due contrazioni che descrivono gli orbitali di valenza (una da 1 primitiva e l'altra da 3 primitive).

Ad esempio se vogliamo descrivere il Carbonio con il set di Base 6-31G, avremo che:
-l'orbitale 1s viene descritto da una contrazione di 6 primitive (l'1s viene considerato di core);
-l'orbitale 2s viene descritto da 2 contrazioni (rispettivamente di 3 ed 1 contrazione);
-le 3 degenerazioni dell'orbitale p (px py pz) verranno descritte ciascuna da due contrazioni di 3 ed 1 contrazione rispettivamente.
In totale quindi il Carbonio con la 6-31G verrà descritto da 1+2+2+2+2=9 contrazioni.

Spero possa esservi utile.
Antonio
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