Cinetica enzimatica per una rete di interazione proteica

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mikkc

2020-04-27 23:46

Ciao a tutti sono nuova e pure l'argomento è nuovo per me.

vi spiego: Studiato e analizzato un network di proteine, a questo elaborato devo aggiungere argomenti di biochimica tra cui la equazione di Michaelis-Menten.

Ora, considerando che ho un file .sif della interazione necessario per ricreare il network, non so proprio come inserire il resto.

Questa equazione studia la velocità di reazione tra enzima e substrato.

Avendo un elevato numero di proteine come mi consigliare procedere? 

Devo capire quali valori del network possano servire per il calcolo dell'equazione.

Ho letto che le km e Vmax sono difficili da reperire e che pertanto si ricorre all'utilizzo del piano di Lineweaver e Burk, o doppi reciproci (interpolazione dei dati a mezzo della regressione lineare).

I dati mi pare siano 1/Vmax e 1/km ? Non li ho.

Considerando che l'elaborato che ho realizzato permette lo studio di diversi file in interazione proteica, non avrò sempre le medesime proteine e lo stesso numero.

Mi chiedevo se i valori ottenuti (proprietà del network), per ciascuna proteina, possano essere utlizzati al fine del calcolo dell'equazione.

Inoltre mi chiedevo, l'equazione dev'essere calcolata e visualizzata per ciascuna proteina? Sono piuttosto confusa su come procedere.

Ho letto che si usano le espressioni di velocità Michaelis-Menten per modellare le reti di interazione proteica. 

Mi potreste spiegare come? Grazie!!!! 

mikkc

2020-04-30 21:33

Proseguendo con lo studio... le proteine di cui sto analizzando il network sono kinasi, quindi multienzimi,

per cui la funzione cinetica da considerare è la funzione di Hill e NON di i Michaelis-Menten.

La interazione proteina-proteina può modificare le costanti cinetiche di un enzima.

Come?

Grazie!