Costruzione della Matrice Z
Mi fa piacere Al che hai fatto i compiti a casa ;-)

Non ti preoccupare dell'errore, io la prima volta ci ho messo 3 giorni per costruire il file di input per la molecola dell'etano :-D

Sei già andato molto bene ;-)

Allora cominciamo:

Per prima cosa, il file che salvi come Input è un .gjf (GJF) e non un .gif (GIF). Magari così piacerai di più a Gaussian <3

Inoltre come hai già ben notato, hai sbagliato la numerazione e non hai inserito gli angoli diedri per gli atomi 4 e 5 :-D

Senza gli angoli diedri, Gaussian ha infinite soluzioni per il sistema cloroformio. In quanto in un punto centrale (Carbonio) possono passare milioni di rette (infiniti legami C-Cl).

Non ti svelo la soluzione della matrice in qunato non voglio toglierti la gioia e la soddisfazione di poter risolvere da solo la situazione e vedere che Gaussian ti vuole bene <3

Comunque non hai scelto proprio un sistema semplice, in quanto gli angoli diedri in molecole come metano o cloroformio non sono proprio così intuitivi però non sono impossibili, è tutto un gioco geometrico.

Buon divertimento, se hai problemi chiedi pure!

Stay Computationa ;-)
Chemistry4888
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OK a entrambi ;-)

Con calma provo a ripensarci con i suggerimenti, vediamo se li capisco.

Ho provato comunque la matrice di Lorenzo (riga bianca e .gjf) e mi dà il medesimo risultato: Error 2070 :-/

[Aggiunta: se gli angoli diedri del metano non sono intuitivi e questa molecola è un caso difficile, NON OSO pensare agli angoli di qualsiasi altra cosa... :tossico: ]
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Un piccolo consiglio: quando scrivete la matrice Z, dovete seguire l'ordine della numerazione che avete dato. Prima si definisce l'1, poi la distanza con il 2, poi il 3 e così via, ecco perchè la matrice di lorenzo non funziona (non segue la giusta numerazione).

Ad esempio potete dare il numero 1 a un Cl, il numero 2 al carbonio centrale, in modo da definire subito la distanza cloro-carbonio (l'ossatura della molecola). Nella numerazione che hai dato Al, la prima distanza che definisci è un Cl-Cl, che non consiste in un legame reale nella molecola.

La numerazione deve essere data, in modo da semplificare la costruzione della matrice, quindi seguire la strutture reale del sistema può aiutare :-D

Stay Computational ;-)
(2012-03-17, 19:12)al-ham-bic Ha scritto: [Aggiunta: se gli angoli diedri del metano non sono intuitivi e questa molecola è un caso difficile, NON OSO pensare agli angoli di qualsiasi altra cosa... :tossico: ]

Il metano o il cloroformio sono difficili perchè la definizione di angolo diedro non è perfettamente intuibile. Non hai 4 atomi collegati in serie come nell'esempio dell'etano o in qualsiasi altra molecola ma bensì 3 atomi collegati ad un atomo centrale, cosa ben diversa.

Puoi sempre costruire i due piani che ti indicano l'angolo diedro fra i vari atomi, ma diventa un bel gioco geometrico asd

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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al-ham-bic
La numerazione della molecola è molto importante ed è tramite la numerazione che noi possiamo costruire la matrice Z.

La numerazione è puramente soggettiva, ma per semplificare la costruzione della matrice Z, si consiglia di seguire l'ossatura della molecola. Dopo aver dato la numerazione, dobbiamo però ricordarci di descrivere gli atomi in funzione della numerazione scelta, in quanto Gaussian considera ogni riga della matrice come un numero. Quindi se noi descriviamo l'atomo numero 2 della nostra struttura si deve trovare nella riga numero 2 della matrice, altrimenti Gaussian interpreta come errata la matrice inserita.

Altro motivo molto importante per seguire la numerazione data, consiste nel fatto che Gaussian può prendere come riferimento solo atomi di cui conosce la posizione. Mi spiego meglio con un esempio.

Analizziamo ad esempio un generico esempio di una molecola A-B-C, come l'acqua. La numerazione che applico è molto semplice ed è la seguente: H1(A)-O2(B)-H3(C ). Iniziamo quindi a costruire la matrice Z per la molecola d'acqua.

Come già sapere nella prima riga ci va l'atomo di riferimento, che consiste nell'atomo numero 1, nel nostro caso H1.

H1 ------------> Prima riga della matrice (Gaussian interpreta questo dato come l'origine del sistema)

Secondo atomo, O2. La distanza per il legame O-H è circa 0.95 amstrong, quindi la seconda riga matriciale sarà:

O2 1 0.95 ------> Seconda riga della matrice (Gaussian comprende la posizione di B in funzione di A già descritto)

Terzo ed ultimo atomo, H3. Distanza O-H sempre 0.95 amstrong, angolo con H1 circa 107.5°, quindi la terza riga matriciale sarà:

H3 2 0.95 1 107.5 ----> Terza riga della matrice (Gaussian comprende la posizione di C in funzione di A e B precedentemente descritti)

Che cosa notate nella scrittura della matrice?

Descriviamo ogni volta un nuovo atomo facendo riferimento ad atomi già descritti. Descrivo la posizione di B (O2) in funzione di A (H1) oppure descrivo la posizione di C (H3) in funzione di B ed A precedentemente descritti.

Se non si segue la numerazione correttamente, si può andare in contro all'errore di voler descrivere la posizione di un atomo facendo riferimento a degli atomi che non sono stati ancora descritti, portandoci a commettere un errore di scrittura.

Vi posto un altro esempio in modo da rendere il tutto più chiaro ed intuibile (Vedere Fig.1 sottostante).

[Immagine: fenolonumerazione2.png]
Fig.1 Esempio di numerazione per la molecola del fenolo

Immaginiamo di aver già descritto i primi 3 atomi (C1, O2 e H3) e vogliamo descrivere l'atomo C4, come procediamo??

Dobbiamo prendere in esame gli atomi già descritti per descrivere C4, quindi dovremmo fornire al programma la distanza con C1, l'angolo con O2 e l'angolo diedro con H3. In questo caso la matrice viene letta correttamente da Gaussian.

Ma se lo stesso C4 viene descritto tramite la distanza con C6, l'angolo con O2 e l'angolo diedro con H3, Gaussian non è in grado di decifrare la matrice in quanto stiamo prendendo come riferimento per descrivere C4, l'atomo C6 che ancora non è stato descritto.

Consiglio quindi una saggia scelta della numerazione in quanto può semplificare di molto la costruzione della matrice e un'attenzione particolare nel costruirla. Trovare l'errore nella matrice finale non è sempre così facile e spesso è più saggio costrurne una nuova.

Spero di essere stato chiaro e comprensibile.

Stau Computational ;-)
Chemistry4888
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Dunque, ho provato a far partire il calcolo con Gaussian e la mia matrice Z funziona.

Il file di input è questo:
Codice:
%chk=prova.chk
#p ub3lyp/6-311G** opt nosymm

Cloroformio

0 1
C
H 1 1.06
Cl 1 1.76 2 110.3
Cl 1 1.76 2 110.3 3 120.0
Cl 1 1.76 2 110.3 3 -120.0

Qui trovate il log:
http://dl.dropbox.com/u/61809074/prova.log

@al: Prova a postarci il file .out così vediamo dov'è l'errore.
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Brick 
Molto bene lorenzo

Complimentoni *clap clap**clap clap**clap clap*

La matrice è corretta, alla fine non è così difficile costruirla, basta entrare nel ragionamento. Sei partito subito con un bel metodo e una bella basis set, per il cloroformio va bene in quanto il calcolo è molto veloce (1 minuto e 6.8 secondi) ma per molecole più complesse, ti consiglio qualcosa di meno preciso in qunato l'attesa diventa snervante e frustrante *Fischietta*

Ho aperto il file con ChemCraft, copiandolo in un file "Blocco Note" e salvandolo come .out. Va benissimo, ottimizzazione della geometria in 4 step. Ottimo *Hail*

Hai provato per caso a "giocare" un pò con ChemCraft? Ad esempio ti sei ricavato i raggi di Van der Waals oppure il diagramma degli OM per il sistema cloroformio?

L'errore nella matrice di Al, era nella seguenza numerica errata. Se segue la giusta numerazione sicuramente anche la sua di matrice verrà letta da Gaussian ed otterrà il tuo stesso risultato (se utilizza lo stesso metodo e stessa basis set naturalmente). Tutto dipende dalla numerazione che Al ha dato al suo sistema, numerazione diversa = matrice diversa.

Posto di seguito la numerazione asseganta da lorenzo al sistema cloroformio (Fig.1). Chi vuole può dare la stessa numerazione e poi verificare la correttezza della matrice confrontandola con quella fornita gentilmente da lorenzo.

[Immagine: cloroformionumerazionel.png]
Fig.1 Numerazione assegnata da lorenzo per il sistema cloroformio



Prossimamente posterò un theard dove descrivo come ricercare nel file output di Gaussian le informazioni sul nostro sistema (termodinamica o altri parametri), in modo da avere tutte le nozioni per iniziare a fare qualche calcolo computazionale "Homemade".

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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Ho capito *yuu*
Ho fatto varie prove, cambiando un po' di tutto, ecco la matrice finale:
(girando prima di qua e poi di là ho evitato il segno meno nell'ultima riga ;-) )
#PBE1PBE/3-21G opt nosymm

Cloroformio

0 1
C1
H1 1 1.06
Cl1 1 1.76 2 108.0
Cl2 1 1.76 2 108.0 3 110.3
Cl3 1 1.76 2 108.0 4 110.3

mi dà un file .out di un centinaio di Kb facendo abbastanza presto (3-21G).

Quello che non mi spiego è perchè ChemCraft mi visualizzi certe immagini SENZA le gambette tra gli atomi! Boh!!!
Comunque ecco l'immagine:



AllegatiImmagini
   
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Complimentoni anche a te Al, state andando alla gende *clap clap*

Visto Gaussian ti vuole bene asd asd asd

Per gambette fra gli atomi intendi il legame fra essi?? Non vedi i legami in alcune strutture perchè fuoriescono dal range calcolato da gaussian.

Sicuramente hai ottenuto queste strutture "senza gambette" per strutture intermedie, comprese fra quella iniziale immessa da te e quella finale ottimizzata dal programma. In tal modo Gaussian sta esplorando la PES del sistema cloroformio e lo fa cambiando gli angoli e le distanze fra i vari atomi del sistema e tenta tutte le soluzioni possibili anche quelle al di fuori del range prestabilito, calcolandosi i massimi del sistema.

Questo range prestabilito diepnde dal tipo di legame, in quanto Gaussian "riconosce" la natura degli atomi impegnati nel legame (H, O, C o qualsiasi altro atomo) e qundi attraverso calcoli approssimativi, ricava un valore massimo di lunghezza di legame per quel generico legame. Se il valore che sta testando va oltre il valore limite , Gaussian omette "le gambette" azz!

Spero di aver interpretato correttamente cosa volevi dire con la frase "senza gambette".

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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E' pacifico che per gambette intendevo i legami asd
---
Ma chi "è poco del mestiere" diciamo così, come fa a inserire i giusti angoli fra gli atomi?
Magari si possono anche trovare o intuire come ho fatto io col CHCl3, ma in generale?
Spesso non si riesce a intuire un bel niente e trovare men che meno...
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Brick 
Dici bene Al anzi benissimo.

Per le molecole "semplici" puoi intuire gli angoli, distanze ed angoli diedri, ma per quelle più complesse non è così facile. Come fare?
Possiamo inserire all'interno del file input una qualsiasi matrice che rappresenta una qualsiasi struttura, sarà poi Gaussian ad ottimizzarla.

Per fare un esempio potete inserire senza alcun problema, la struttura del cloroformio come geometria quadrato planare anzicchè tetraedrica e poi lanciare l'ottimizzazione con Gaussian. La struttura quadrato planare del cloroformio corrisponde sicuramente a un vettore "q" della PES del sistema cloroformio e quindi Gaussian accetterà questa geometria e tenterà di ottimizzarla al punto di minimo più vicino. Dovrebbe essere la struttura tetraedrica del cloroformio ma potrebbe anche non esserlo.

Provate se volete è molto divertente, poi la matrice Z per il cloroformio a struttura quadrato planare è facilissima da costruire asd

In generale, non dobbiamo inserire i valori precisi dei vari angoli e distanze ma solo quelli approssimativi. Naturalmente con le strutture più complesse questo non è possibile, in quanto potremmo sovrapporre alcuni atomi fra di loro e rendere la lettura della matrice impossibile da parte del programma. La geometria della molecola che disegnamo sul foglio spesso è ben lontana da quella reale del sistema, ci possono essere ripiegamenti o torsioni che non immaginiamo e che ci inducono a commettere errori. Per queste ragioni il metodo di stesura della matrice Z computerizzato è il più utilizzato.
Lui commette meno errori in questo caso *Hail*

Stay Computational ;-)
Chemistry4888
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al-ham-bic




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