Freeware per docking molecolare
Buongiorno (o buonasera, in base a quando leggerete), complice la quarantena, mi ritrovo annoiato in casa e dopo un paio di esperimenti casalinghi "in silico" con Autodock vina, mi è venuta la curiosità di sapere quali sono i migliori software gratuiti per docking molecolare in termini di aderenza ai modelli ottenuti sperimentalmente. 
In realtà mi basterebbe sapere un elenco di software di docking gratuiti, per l'affidabilità dovrei vedere proteina per proteina e ligando per ligando (comparando con un valore di riferimento dalla Protein Data Bank e usando l'RMSD dei risultati di ogni programma).
Consigli?
"Perennemente indeterminato come Heisemberg"
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Ciao :-D
Premetto che non faccio docking, ma a noi hanno insegnato, in didattica, a usare Molegro, non so se lo conosci... è bruttino e scomodo, ma credo che non sia del tutto da scartare come affidabilità dei risultati. Se hai facebook ti consiglio di seguire la pagina "Molecular Docking", ci sono spesso dei post utili e didattici, così come dubbi, problemi tecnici e relative risoluzioni.
"C'è uno spettacolo più grandioso del mare, ed è il cielo, c'è uno spettacolo più grandioso del cielo, ed è l'interno di un'anima." V. Hugo, I Miserabili.
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[-] I seguenti utenti ringraziano ClaudioG. per questo post:
Mercaptano
Grazie! Vado subito a dare un'occhiata alla pagina, oramai mi sono adattato ad Vina, che in fondo fa il suo bel dovere, come open source. Lo sto utilizzando con l'interfaccia di Chimera, un render ed editor molecolare 3D che supporta il Docking con molecole d'acqua esplicite mediante Vina.
Ho fatto qualche test e devo dire che, almeno per le posizioni di legame, aderisce perfettamente alle cristallografie da cui ho preso i modelli originali, anche dopo ottimizzazione con software diversi (ho dovuto testare la cosa perché poi ho simulato l'interazione con alcune mie proposte).
"Perennemente indeterminato come Heisemberg"
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