chimica computazionale
allora ho da porre una domanda:è necessario l' uso di super computer in chimica computazionale...so che è utili per avere calcoli quantistici estremamente accurati!nel docking basta un buon pc...si sa sono dei succhia-correnti!!ma del resto si sta lavorando su algoritmi di ottimizazione ab-initio per le proteine e credo che questi su un normale pc non possono essere eseguiti!coocordate con me?
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Basta un pentium II per fare dei calcoli DFT... il problema è solo il tempo.
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ok tempo e memoria!ma penso che su una proteina un calcolo accurato non si possa fare altrimenti perchè usare supercomputer nei dipartimenti?puo essere che mi sbagli ....:-(
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zardoz mi riferivo anche all' eventualità di trovare i cammini di reazione,e ipotizzare gli stati di transizioni,calcoli termodinamici statistici...comunque di sicuro negli screening teorici usano super computer le industrie farmaceutiche..in quel caso perchè si passano migliaia di composti al giorno!
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Sì ma... non capisco dove vuoi arrivare con il tuo discorso... tutto quello che dici lo posso fare anch'io con il mio pentium dual core ed i programmi adatti (anche se basterebbe saper programmare bene in fortran e/o usare il GAMESS per ottenere dei buoni risultati), senza contare tutti i progetti di condivisione risorse via internet che possono coinvolgere migliaia di computer in giro per il mondo, il che è di gran lunga più economico che comprarsi un supercomputer. Alla Glaxo ricerche di Verona, una 10 di anni fa, se non sbaglio facevano computazionale su 3-4 PC con relativo personale. Dubito che abbiano mai acquistato un supercomputer (che con l'andazzo di adesso non riuscirebbero nemmeno a mantenere).
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no ovviamente non mi riferivo ai progetti di condivisione in rete...quello che dici tu è anche giusto ma non sempre e in generale ...con un computer normale non hai un valore estremamente accurato e per esempio non penso si possa fare una simulazione di un sistema reale...al massimo il pc si blocca....comunque grazie mille per la risposta :-)
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I calcoli computazionali possono essere fatti comodamente con il PC che possiedi (o con qualunque altro PC), l'unico scoglio è sicuramente dato dal tempo di analisi derivante. Più il computer è potente e meno tempo impieghi per fare i calcoli computazionali del tuo sistema.

L'accuratezza dei dati non dipende dalla potenza del PC ma solo dal "method" e dalla "basis set" che usi, ad esempio il "method" meno accurato è il medoto HF (Hartree-Fock che utilizza un metodo AB-INITIO) mentre un metodo più accurato è il metodo PBEPBE (Utilizza invece un metodo DFT). Molto più utilizzati i metodi ibridi, utilizzando entrambi i metodi di calcolo come ad esempio il metodo PBE1PBE.

Naturalmente per il calcolo computazionale su proteine hai bisogno di metodi molto accurati (non certo un AB-INITIO) che permettono meno approssimazioni del sistema. In questo modo però dovrai effettuare più calcoli sul tuo sistema, ottenendo così dei tempi di calcolo molto più lunghi. Per evitare questi tempi di attesa molto lunghi, le università preferiscono usare computer ad elevata potenza (non super computer) in modo da ottimizzare e rendere ragionevoli i tempi di calcolo.
Chemistry4888
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Ciao, ho avuto l'onore e il terrore di fare la mia tesi triennale presso il gruppo di Chimica teorica e computazionale dell'università di Padova... Vista la brevità di un lavoro di tesi triennale, ho usato solo GROMACS, un programma di dinamica molecolare, assolutamente non ab initio, anzi cercavo di fare più semplificazioni possibili al campo di forze per riuscire poi a studiare l'output (inutile simulare perfettamente un sistema se poi non ho mezzi per analizzare il risultato...). Comunque arrivando al punto che magari ti interessa, se ricordo bene riuscivo a fare delle dinamiche di prova anche sul mio portatile dual core, di sistemi con qualche centinaio di atomi più un migliaio di molecole di solvente, della durata di una notte. Mettevo il PC su una lastra di rame per paura che fondesse haha.
Per i calcoli veri e propri avevo accesso al cluster di computer di facoltà (credo siano circa 2-300 processori quad core), ma in realtà il massimo di velocità di calcolo ce l'avevo con 8 processori, usandone di più il calcolo rallentava perché le macchine passavano più tempo a dialogare tra di loro e sincronizzarsi che a mandare avanti la dinamica molecolare. Ovviamente ciò vale per questo specifico programma, credo che altri sistemi siano molto meglio ottimizzati.
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Molto interessante il campo della dinamica molecolare anche se non ho avuto mai modo di lavorarci in maniera approfondita, se non mi sbaglio con GROMACS simuli soltanto le possibili equazioni di moto del sistema e non le varie proprietà derivanti dalla composizione del sistema (ad esempio grandezze termodinamiche o cinetiche).

L'utilizzo di questa tipologia di programmi, come hai ben precisato è diretto in modo particolare allo studio di sistemi biologici, in quanto in ambito chimico si utilizzano dei programmi computazionali più "puri", come ad esempio lo "SPARTAN" (molto base) o ancora meglio il "GAUSSIAN" (più avanzato) in cui è possibile identificare la struttura più stabile del sistema, oppure simulare vere e proprie reazioni.

Naturalmente tutto questo è solo una simulazione ma che può rendere l'idea della reale situazione.

Ribadisco il fatto che i calcoli computazionali possono essere fatti con un comune PC, come già scritto e citato in precedenza, proprio in questo momento sto effettuando l'ottimizzazione geometrica di un catalizzare non metallico a 54 atomi con GAUSSIAN. Ho un normalissimo notebook VAIO del 2007, niente di "super" insomma.
Chemistry4888
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Sì, credo che GROMACS faccia solo qualche calcolo base, tipo scarti quadratici delle velocità, che sono associabili all'energia cinetica media e da qui a parametri termodinamici tramite elaborazioni o programmini "homemade". Io utilizzavo un formulone che associava la capacità termica a parametri della dinamica molecolare, ma utilizzavo un programma del prof che elaborava il file di output, nemmeno sapevo bene cosa facesse purtroppo.
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